Ученые намереваются раскрыть секреты рака с помощью «социальных сетей» клеток

Ученые научились использовать инструменты анализа социальной сети для понимания связей между генами, что может привести к медицинским достижениям.


Мегха Пади, доктор биологических наук, директор Центра раковой биоинформатики UA, а также доцент молекулярной и клеточной биологии разработала компьютерный алгоритм ALPACA, который показывает, какие сети генов активируются в больной клетке. Подход может помочь улучшить лечение различных заболеваний. Результаты опубликованы в журнале «Nature Systems Biology and Applications» от 19 апреля.

Исследователи рака обычно сосредотачиваются на специфических генах при сравнении здоровых клеток с опухолевыми, но подход не полностью показывает, что именно вызывает рак.

Важно изучить, как гены работают в рамках более широкой сети, поэтому доктор Пади анализирует их «сообщества» так же, как можно было бы рассмотреть социальную сеть, состоящую из связей между людьми.

Исследование доктор Пади провела в сотрудничестве с Джоном Квакенбушем, директором Центра по вычислительной биологии рака в Институте рака Дана-Фарбера.

Задача состоит в поиске различий между «сообществами» генов в здоровых клетках по сравнению с больными, а не различий между отдельными генами.

Доктор Пади особенно заинтересована в использовании ALPACA в целях поиска новых методов лечения для людей, чьи раковые заболевания не реагируют на доступные в настоящее время.

Внедрение компанией анализа социальных сетей ALPACA – это инновационное использование инструментов, которые чаще всего связаны с маркетингом, а не с медицинскими исследованиями.

«Ученые обычно озадачены такими вопросы, как распространение информации через Twitter или другие каналы связи, – сказала доктор Пади. – Мы же интересуемся, например, как сети функционируют в разных типах опухолей. Данный тип исследований довольно редок, потому что не так много людей имеют хорошие познания в обеих областях одновременно».